Es la subsecretaría medular y técnica que tiene a su cargo la coordinación del Sistema Nacional de Planificación y la conducción de las Prioridades Nacionales de Desarrollo en conjunto a la institucionalidad pública, gobiernos locales y Consejos de Desarrollo. De sus acciones estratégicas destaca la coordinación e implementación del SNP; gestiona, conduce, evalúa y da seguimiento a las PND para verificar el cumplimiento de los resultados y metas; genera documentos estratégicos así como instrumentos y metodologías como los relativos al diseño del marco programático de país y de los enfoques transversales del SNP; desde la investigación aporta en el análisis situacional y de coyuntura del país para que la planificación tengan esa visión prospectiva del desarrollo y su financiamiento; la producción de informes sobre la gestión pública según los compromisos nacionales e internacionales; asimismo, contribuye en el fortalecimiento de las capacidades del SNP a nivel interno y externo.

Para la realización de sus funciones, la Subsecretaría cuenta con cuatro direcciones: Gestión Pública del Desarrollo; Análisis Estratégico del Desarrollo; Seguimiento y Evaluación del Desarrollo; Fortalecimiento de capacidades del SNP.