Una vez gestionada la cooperación internacional, esta dirección tiene bajo su cargo coordinar efectivamente la ejecución de la cooperación para el desarrollo que apoya al país, para poder generar información suficiente y así determinar la eficacia de la ayuda al desarrollo nacional, en función del marco de prioridades nacionales de desarrollo.

Para facilitar esta tarea, surgió el Sistema de Gestión, Ejecución y Análisis de la Cooperación Internacional –SIGEACI- como una herramienta para el registro y seguimiento de los proyectos de cooperación, el cual es manejado por esta dirección para asesorar a las unidades ejecutoras durante la vigencia del proyecto.